Jaka jest metoda strzelby?

Metoda strzelby służy do sekwencjonowania długich nici cząsteczki kwasu deoksyrybonukleinowego (DNA).Opiera się na innej metodzie sekwencjonowania DNA zwanej metodą zakończenia łańcucha.Za pomocą metody strzelby naukowcy sekwencjonują części nici DNA i używają wyników do stworzenia ciągłej sekwencji.

Sekwencjonowanie jest procesem znalezienia składu atomowego cząsteczki i badania wiązań chemicznych, które łączą te atomy.W DNA sekwencjonowanie służy do znalezienia kolejności występowania niektórych cząsteczek.Cząsteczki te nazywane są nukleotydami.Cztery zasady nukleotydowe to adenina, guanina, cytozyna i tymina.

Jednym ze sposobów sekwencjonowania długich nici DNA jest zastosowanie metody strzelby.W tej metodzie DNA jest podzielone na losowe fragmenty.Powstałe segmenty są następnie sekwencjonowane przy użyciu metody zwanej metodą zakończenia łańcucha.Zakończenie łańcucha jest metodą wyboru dla krótkich sekwencji DNA.Wykorzystuje kilka trudnych chemikaliów i niższych ilości radioaktywności niż inne metody krótkich sekwencji.

W metodzie zakończenia łańcucha nici DNA jest podzielone na cztery reakcje sekwencjonowania.Każdy z nich zawiera wszystkie cztery nukleotydy i enzym, który działa jak katalizator, zwany polimerazą DNA.Dideoksynukleotyd, który jest zasadniczo brakiem nukleotydu jego sekwencji cukru, jest następnie dodawany do każdej reakcji sekwencjonowania.Po przetworzeniu tych reakcji naukowcy mogą je wyobrazić i czytać sekwencję DNA.

Podczas metody sekwencjonowania DNA strzelby odbywa się kilka razy przy użyciu różnych losowych fragmentów DNA.Powoduje to wiele nakładających się odcinków sekwencjonowanego DNA.Następnie program komputerowy wykorzystuje nakładające się sekcje do tworzenia ciągłej sekwencji DNA.Problem z metodą strzelby polega na tym, że DNA jest niezwykle złożone.Często zawiera powtarzające się sekwencje, które wyglądają tak samo, ale tworzą różne części DNA.Pełny zestaw ludzkiego DNA, zwany ludzkim genomem, ma ponad trzy miliardy par zasad.Jedynym sposobem, aby upewnić się, że umieszczenie powtarzających się sekwencji jest prawidłowe, jest wykonanie większej liczby losowych odczytów, aby każda część była sekwencjonowana wiele razy.Mimo to występują błędy.

Metoda sekwencjonowania strzelby była najnowocześniejszą krawędzią sekwencjonowania DNA do około 2005 r. Od tego czasu naukowcy stworzyli sekwencjonowanie nowej generacji, które działa znacznie szybciej.Dokładność poszczególnych odczytów jest mniejsza niż w przypadku sekwencjonowania strzelby, ale naukowcy otrzymują zrekompensowanie tego poprzez możliwość wykonania większej liczby odczytów w krótszym czasie.